1943-ൽ നല്ലവരായ നാട്ടുകാരുടെയും , കേരളാ കോൺഗ്രസ്സിന്റെ പ്രഥമ നേതാവായിരുന്ന ശ്രീ . കുട്ടി സാഹിബിന്റെയും ശ്രീ മാധവ മേനോൻ സാറിന്റെയും അക്ഷീണ പരിശ്രമത്തിന്റെ ഫലമായി അൽഫാറൂഖിയ എന്ന അറിവിന്റെ ക്ഷേത്രം സ്ഥാപിതമായി . ചേരാനെല്ലൂരിന്റെ ഹൃദയ ഭാഗത്തു എല്ലാ വിധ സൗകര്യങ്ങളോടെയും ഏകദേശം രണ്ടേക്കർ സ്ഥലത്തു തലയെടുപ്പോടെ ഈ വിദ്യാലയം സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നു. സേവനം മാത്രം ലക്ഷ്യമാക്കിയ അധ്യാപകരാണ് ഇവിടെ അധ്യാപനം നടത്തിയിരുന്നത് . ചേരാനെല്ലൂർ ഗ്രാമപഞ്ചായത്തിലെയും ഏലൂർ, കടമക്കുടി ,കോതാട്, ചിറ്റൂർ പ്രദേശങ്ങളിലെ 3000 ത്തോളം കുട്ടികളാണ് 1970 വരെ ഇവിടെ പഠനം നടത്തിയിരുന്നത്.
1993 സെപ്റ്റംബർ 20 ന് സ്കൂളിന്റെ ഔദ്യാഗിക രക്ഷാകർത്താവായി ബഹു . കാന്തപുരം എ പി അബൂബക്കർ മുസലിയാർ സ്ഥാനമേറ്റു. അൽഫാറൂഖിയ സ്കൂൾ പുതിയ മോടിയിലും രൂപത്തിലും ഭൗതികമായും മെച്ചപെടുത്തി.2014 ഓഗസ്റ്റ് വരെ ചേരാനെല്ലൂർ ഗ്രാമപഞ്ചായത്തിലെ ഏക ഹൈസ്കൂൾ ആയിരുന്നു ഈ വിദ്യാലയം. 2014 ഓഗസ്റ്റിൽ മാനേജ്മെന്റിന്റെയും ചേരാനെല്ലൂർ പഞ്ചായത്തിന്റെയും ബഹു എം .എൽ .എ ശ്രീ ഹൈബി ഈഡന്റെയും പരിശ്രമഫലമായി അൽ ഫാറൂഖിയഹൈസ്കൂളിൽ നിന്നും അൽഫാറൂഖിയ ഹയർ സെക്കണ്ടറി സ്കൂൾ ആയി ഉയർത്തപ്പെട്ടു . ഹയർസെക്കണ്ടറിയുടെ പുതിയ ബാച്ച് 50 കുട്ടികളെ ഉൾപ്പെടുത്തി ഓഗസ്റ്റിൽ പ്രവത്തനം ആരംഭിച്ചു . സ്കൂളിന്റെ ഉയർച്ചക്കും കുട്ടികളുടെ എല്ലാവിധ ഉയർച്ചക്കും വേണ്ടി നിസ്വാർത്ഥമായി പ്രവർത്തിക്കുന്ന മാനേജ്മെന്റും സ്റ്റാഫുമാണ് ഈ വിദ്യാലയത്തിന്റെ ശക്തി. അർപ്പണ മനോഭാവത്തോട് കൂടി പ്രവർത്തിക്കുന്ന വിദ്യാലയ വികസന സമിതി അംഗങ്ങൾ ആത്മാർത്ഥതയോടെ പ്രവർത്തിക്കുന്ന അധ്യാപകർ എല്ലാം തന്നെ ഈ സ്കൂളിന്റെ മുതൽക്കൂട്ട് ആണ്. ഇതെല്ലാം തന്നെ കുട്ടികളുടെ അക്കാദമിക് മികവും കലാകായികവുമായ മികവുകൾക്ക് കളമൊരുക്കി.