1982 ജൂൺ 1 മർകസുസ്സഖാഫത്തിസ്സുന്നിയ്യ എന്ന മഹത്തായ സ്ഥാപനത്തിന്റെ ചരിത്രത്തിൽ നിർണായകമായ ഒരു ദിനം. മർകസ് ഹൈസ്കൂൾ ആരംഭിച്ചത് അന്നായിരുന്നു. അന്നത്തെ ജില്ലാ വിദ്യാഭ്യാസ ഓഫീസർ ഒന്നാമത്തെ വിദ്യാർത്ഥിയിൽ നിന്നും അപേക്ഷാഫോറം സ്വീകരിച്ചു കൊണ്ട് ഹൈ സ്കൂളിന്റെ പ്രവേശനോൽഘാടനം നിർവഹിച്ചു. മർകസുസ്സഖാഫത്തിസ്സുന്നിയ്യയുടെ ജനറൽ സെക്രട്ടറിയും സ്കൂളിന്റെ മാനേജറുമായ ബഹുമാനപ്പെട്ട കാന്തപുരം എപി അബൂബക്കർ മുസ്‌ലിയാരുടെ പ്രാർത്ഥനയ്ക്ക് ശേഷമായിരുന്നു ഉദ്ഘാടനം നിർവഹിച്ചത്. മർകസ് കമ്മിറ്റി വൈസ് പ്രസിഡന്റ് സയ്യിദ് ഫസൽ പൂക്കോയ തങ്ങൾ യോഗത്തിൽ അധ്യക്ഷനായിരുന്നു. സ്വന്തമായി കെട്ടിടം ഇല്ലാത്തത് കാരണം ക്ലാസുകൾ ആരംഭിച്ചത് ഓർഫനേജിലെ രണ്ടു മുറികളിലാണ്. ആദ്യദിവസം എട്ടാംക്ലാസിൽ 62 പേർക്ക് പ്രവേശനം നൽകി. ഇതിൽ 48 പേർ ഹോസ്റ്റൽ വിദ്യാർഥികളും അതിൽ 14 പേർ നിത്യേന വരുന്ന വിദ്യാർത്ഥികളും ആയിരുന്നു. ചേളന്നൂർ എ കെ കെ ആർ ഹൈസ്കൂളിൽ ജോലിചെയ്തിരുന്ന പി മുഹമ്മദ് മർകസ് കമ്മിറ്റിയുടെ നിർദ്ദേശമനുസരിച്ച് ജൂൺ ഒന്നിന് തന്നെ ജോലിയിൽ പ്രവേശിച്ചു. തുടക്കത്തിൽ രണ്ടു ഡിവിഷനുകളിലായി ഒരു അധ്യാപകൻ മാത്രമായിരുന്നുവെങ്കിലും സ്കൂളിന്റെ സുഗമമായ പ്രവർത്തനത്തിന് അത് യാതൊരു തടസ്സവുമായിരുന്നില്ല. പിന്നീട് കെ മുഹമ്മദ്, ടി എം മുഹമ്മദ് എന്നീ അധ്യാപകർ ജോലിയിൽ ചേർന്നു. തുടക്കത്തിൽതന്നെ യൂണിഫോം, അച്ചടക്കം മുതലായ കാര്യങ്ങളിൽ കർശനമായ നിയന്ത്രണം ഏർപ്പെടുത്തിയിരുന്നു. വിദ്യാർഥികളിൽ വ്യക്തിപരമായ ശ്രദ്ധ ചെലുത്താൻ കഴിഞ്ഞതിനാൽ പിന്നാക്കമായിരുന്ന വിദ്യാർത്ഥികളിൽ പ്രകടമായ മാറ്റം ദൃശ്യമായിരുന്നു. അധ്യാപകരുടെ അന്നത്തെ കഠിനമായ പ്രയത്നമാണ് പ്രഥമ ബാച്ചിൽ 100% വിജയം നേടിയെടുക്കാൻ വിദ്യാലയത്തെ സഹായിച്ചത്.

രണ്ടാമത്തെ വർഷം സ്വന്തമായ കെട്ടിടത്തിലേക്ക് മാറാൻ കഴിഞ്ഞു. രണ്ടാം വർഷം മുതൽ പ്രവേശനത്തിന് തിരക്ക് ആരംഭിക്കുകയായിരുന്നു. പുതിയ വിദ്യാർത്ഥികൾ, പുതിയ അധ്യാപകർ, അധ്യാപകരുടെയും വിദ്യാർത്ഥികളുടെയും ആത്മാർത്ഥമായ പ്രവർത്തനം അതൊക്കെയായിരുന്നു ആദ്യവർഷങ്ങളിൽ മർകസ് ഹൈസ്കൂളിന്റെ മുഖമുദ്ര. അവർക്ക് വേണ്ട നിർദ്ദേശങ്ങളും പ്രോത്സാഹനങ്ങളും നൽകുന്ന മാനേജിങ് കമ്മിറ്റിയും അധ്യാപക രക്ഷകർതൃസമിതിയും 82- 83 അധ്യയന വർഷം മുതൽ സജീവമായ പ്രവർത്തിച്ചുവരികയാണ്. മർകസ് സ്കൂൾ ജാതി മതഭേദമന്യേ എല്ലാവർക്കും ചേർന്ന് പഠിക്കാവുന്ന മനുഷ്യ സ്നേഹത്തിന്റെയും മതമൈത്രിയുടെയും ആശാ കേന്ദ്രമാണ്. ഈ വിദ്യാലയത്തിലെ 52 പേരുൾക്കൊള്ളുന്ന പ്രഥമ ബാച്ച് 100% വിജയം നേടി ചരിത്രത്തിന്റെ ഭാഗമായി മാറി. മലബാറിലെ വിദ്യാഭ്യാസ ചരിത്രത്തിൽ ചിര  പരിചിതമല്ലാത്ത ഉന്നത വിജയത്തിന് മർകസ് സ്കൂൾ കളമൊരുക്കി.  കന്നിയങ്കത്തിലെ ഈ വിജയം വിദ്യാ സമ്പന്നരെയും അഭ്യസ്ത വിദ്യരെയും സ്കൂളിലേക്കടുപ്പിച്ചു. പ്രസ്തുത കാലഘട്ടത്തിൽ പഠനപിപിന്നാക്കം നിൽക്കുന്ന മുസ്ലിം വിദ്യാലയങ്ങൾക്കും മുസ്ലിം സമുദായത്തിനും പ്രചോദനമായിരുന്നു ഈ വിജയം. 100% വിജയം നേടിയപ്പോൾ ഓരോ രക്ഷിതാവിന്റേയും ശ്രമം  ഇവിടെ ഒരു അഡ്മിഷൻ നേടിയെടുക്കലായിരുന്നു.

വിദ്യാർഥികളുടെയും അധ്യാപകരുടെയും അംഗസംഖ്യ ക്രമാതീതമായി വർദ്ധിക്കാൻ തുടങ്ങി. 1986 മാർച്ച് രണ്ടാമത്തെ എസ് സ് എൽ സി പരീക്ഷ എഴുതിയപ്പോൾ 63 വിദ്യാർഥികൾക്കും പൂർണ്ണ വിജയം വരിക്കാൻ സാധിച്ചു. തുടർച്ചയായി രണ്ടാം തവണയും വിജയം ആവർത്തിച്ച് ഹൈസ്കൂൾ കോഴിക്കോട് ജില്ലയിലെ പ്രശസ്ത സ്കൂളുകളുടെ പട്ടികയിൽ ഇടം നേടുകയുണ്ടായി.

1993 മർകസ് ഹൈസ്കൂൾ പെൺകുട്ടികളുടെ വിദ്യാഭ്യാസ പുരോഗതിക്കും അവരുടെ സൗകര്യങ്ങൾക്കും പ്രത്യേക പരിഗണ നൽകി കൊണ്ട് മർകസ് ഗേൾസ് ഹൈസ്കൂളായും പ്രവർത്തനമാരംഭിച്ചു. സ്കൂൾ പഠനത്തോടൊപ്പം വിവിധ തൊഴിൽ മേഖലകൾ പരിശീലിപ്പിക്കാൻ സാധിക്കുന്ന പരിശീലന കേന്ദ്രവും സ്ഥാപിച്ചിട്ടുണ്ടായിരുന്നു. പാർശ്വ വൽക്കരിക്കപ്പെട്ട സമൂഹത്തിന്റെ വിദ്യാഭ്യാസ മികവിന്റെ കേന്ദ്രമായി മാറിക്കൊണ്ടിരിക്കുന്നു മർകസ്. സാംസ്കാരിക കേരളത്തിന്റെ ചരിത്ര ഭൂപടത്തിൽ നിർണായക സാന്നിധ്യമാണ് മർകസ്. നാലര പതിറ്റാണ്ടിന്റെ വിദ്യാഭ്യാസ പ്രവർത്തന പാരമ്പര്യവും സാമൂഹ്യസേവന മികവുമായി മർകസ് വൈജ്ഞാനിക വൈവിധ്യങ്ങളുടെ നിറപ്പകിട്ടാർന്ന സമുഛയമായി രാജ്യത്തൊട്ടാകെ വ്യാപിച്ചുകിടക്കുന്നു. ജനാധിപത്യ ഇന്ത്യയുടെ മഹിത സന്ദേശവും പൈതൃക പാരമ്പര്യവും വിശ്വാസദാർഢ്യതയുടെ ഉൾക്കരുത്തിൽ സമഭാവനയോടെ മുന്നേറിയാണ് മർകസ് പ്രതീക്ഷാ കേന്ദ്രമായി തീർന്നത്. വിവിധ സംസ്ഥാനങ്ങളായ കർണാടക, പശ്ചിമ ബംഗാൾ, ഗുജറാത്ത്, കാശ്മീർ, ഡൽഹി മഹാരാഷ്ട്ര, രാജസ്ഥാൻ, കേന്ദ്ര ഭരണ പ്രദേശങ്ങളായ ലക്ഷദ്വീപ്, ആൻഡമാൻ തുടങ്ങിയ പ്രദേശങ്ങളിൽ നിന്നും  അയൽരാജ്യമായ നേപ്പാളിൽ നിന്നുമുള്ള അനേകം വിദ്യാർത്ഥികൾക്ക് മർകസ് സ്കൂൾ പഠനാവസരം നൽകി. മർകസ് ഓർഫനേജ് , മർകസ് നോളജ് സിറ്റി, മർകസ് കോളേജ് ഓഫ് ആർട്സ് ആൻഡ് സയൻസ് , മർകസ് ഐടിഐ, കാശ്മീരി ഹോം, ഹാൻഡി ക്രാഫ്റ്റ് ട്രെയിനിങ് സെൻറർ തുടങ്ങി വിവിധ സ്ഥാപനങ്ങൾ അനുബന്ധമായി പ്രവർത്തിച്ചുവരുന്നു. കൂടാതെ യുപി ഹൈസ്കൂൾ ഹയർ സെക്കൻഡറി വിഭാഗങ്ങളിലായി പത്തിലധികം വിദ്യാഭ്യാസ സ്ഥാപനങ്ങളും മാനേജ്മെന്റിന്റെ കീഴിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്നുണ്ട്. അതോടൊപ്പം നാൽപ്പതിലധികം സിബിഎസ്ഇ അൺ എയ്ഡഡ് സ്ഥാപനങ്ങൾ മർകസിന് കീഴിലുണ്ട്.